První písemná zmínka o obci pochází z roku 1320, tehdy se nazývala Muchochov. Delší dobu však až do roku 1910 existovala pod názvem Molkov. Ves byla původně majetkem olomouckého biskupství, v 15. století ale zanikla a byla obnovena až v roce 1606 městem Olomouc, kterému patřila do roku 1850, kdy se v souvislosti se vznikem obecních samospráv stala samostatnou obcí v politickém a soudním okrese Šternberk. Po roce 1938 se Mutkov jako malá, téměř čistě německá obec stal součástí Sudet a po válce byli jeho původní obyvatelé odsunuti.

Součástí Mutkova byla původně i osada Pasecký Žleb (Passekgrund), kde byla provozována pila a mlýn, a spolu s ní se v letech 1961–1992 stal součástí obce Paseka. Poté se Mutkov opět osamostatnil, ale Pasecký Žleb již zůstal součástí Paseky.